马尼拉一日登陆，一日破城，随后处理战俘与城内平民却是非常麻烦与费时，仅将除了少数军官与高级文官之类人外全部移至城外就用了三日，为此这次行还专门台湾运送来一些年青女孩负责搜查与管理女性。
之后俘虏的士兵、中下级军官、平民中的青壮年开始拆除马尼拉大部分的城墙及一部分残破与不合适的建筑。沈磊不是历史虚无主义，在澳门保留了一段城墙及大教堂等，并在城墙旁树碑说明，在马尼拉他也准备这样做。
完成了这些活儿这些人将投入到修筑道路、港口、华人居住区等工作，其中马尼拉城将改造成国际贸易自由城主要是由外国人居住，华人区才发展成为真正的马尼拉城，为此城墙拆下的石头基本上全运送至新城区。
除了大搞建设还有一件事是甄别，这事重要而且更复杂，虽然当时审查在台湾被俘的西班牙人时处决了一些参与屠杀华人的西班牙俘虏，也搞到了许多未在俘虏中却也是参与者的资料，要将他们找出来不容易。
另外还要处理西班牙人行政上迫害、欺凌华人及土箸的行为，还有西班牙平民欺压、敲诈华人及土箸的事件，这方面之前掌握资料不多，只能从华人居住区找人询问，可大屠杀幸存者不多了，大部分还回了故乡，调查核实非短时间就可以完成的。
这些事一时间也忙不完，也是由俞承业在接手管了，至于出征的护卫队在这里留下一个步兵旅主力在第四天就出发去巴达维亚了。
护卫队庞大的船队穿过巴拉旺群岛进入苏禄海，再从帮奥岛附近进入西里伯斯海，然后穿过望加锡海峡来到了巴达维亚外海。这一路过来遇到的船虽然不少倒不怕会有人给荷兰人通风报信，一则荷兰人就是知道了也没有支援兵力，二来船只的速度是恒定的，不可能绕道还能比护卫队日夜航行还快的情形。
经过半个月航行突然出现的护卫队船队肯定让荷兰人巡逻船大吃一惊，知道来者意思不善全力划桨终于比护卫队早到海岸。不过护卫队本来就没有马上攻打的计划，任由那船逃走而自顾自地在巴达维亚荷兰人的白色城堡附近海岸边停泊并建造临时码头与步兵登陆起来。
这动静别说荷兰人的城堡，连更远处巴达维亚城区也被惊动。原来这里的布置与马尼拉类似，有一个平民居住区及荷兰人东印度公司总部所在的一个白色石灰岩建筑的城堡，如此设计当然是为了防守更可靠些，也是为了将人区分开来。
此时红溪惨案还未发生，居住在这里的华人日子还比较好过，不少还是荷兰人以前从大明沿海地带掳、骗来的，对荷兰人感觉还不大仇恨，因而知道是台湾的华人军队过来心情比马尼拉的华人心情复杂一些。
马尼拉华人对西班牙人主要是恐惧，至于有没有恨当然有，但大多数此时离开了马尼拉，新到马尼垃的华人主要剩下担心西班牙人再次发疯的恐惧与恋恋不舍马尼拉此时的商机。
因为马尼拉华人对西班牙人只有恐惧他们对护卫队到来的希望就是尽快将西班牙人干翻了，甚至是有些人准备帮助护卫队一起攻打西班牙人的城池。
相比之下巴达维亚此时的华人未经历过大屠杀，觉得此地的生活还不错，对荷兰人没什么恐惧仇恨，有的应该是小小的不满、小小的怨恨，甚至觉得生活有些改善的小小感谢，总而言之什么都是小小的。
这只是他们此前对荷兰人的感觉，这时夹杂进台湾华人他们的感觉更复杂了。如因荷兰人二次败在台湾华人手上他们的境况也有个小小的牵连而受到荷兰人刁难之类时的不满，及同为华人觉得有丝自傲。
只是这个自傲与不满自己也觉得牵强，台湾华人与他们根本不认识没交情，为他们自己打败荷兰人的。不过在荷兰人第三次大败时大多数人认为今后日子难过了，不料荷兰人对华人愈加友善，从透露的消息才知道这是台湾华人要求的心里才真有一些血浓于水的感激。
此时见护卫队船队之庞大不输于荷兰人的心里各种滋味都有，虽然兴奋、期待为主，也有的人担心护卫队难攻占荷兰人的城堡，毕竟攻打与本地防卫两回事。或觉得这应该是个悲剧或带来太多不确定性，而这些人肯定是属于与荷兰人商务来往较密切者。
只是连巴达维亚的荷兰人还未知道马尼拉已经陷落，这些华人此时不管是欢迎护卫队到来，他们中大多数人比较一致的念头是希望能早点结束战事，不然他们的日子受影响就很大了。
巴达维亚华人的希望是尽快结束战事，而荷兰人城堡里的最高层几个人更加懵然，他们想不到护卫队会先来打自己，而且应该已经签了停火协定，虽说台湾当时特别注明此乃是临时协议，为的是先恢复贸易表示善意可大家以为事情已经过去了。
不料时至今日护卫队来找后帐了，或有人弱弱地说会不会仅是路过？马上被看白痴的目光怼哑了口。千错万错来人不错，其实开口的人也知道护卫队来意不善，心想万一呢。
几个人望着不远处自顾自忙碌登陆的护卫队只有深深的失落、无奈与凝重的后悔，他们这些人大多数参与决策开僻台湾贸易点的讨论，都经历一而再、再而三的失败，现在若问他们对台湾攻打过来的想法是什么，肯定是悔不当初。
悔不当初也是悔，世上没有后悔药，他们的国内援军与西班牙人类似同样不可能在一年内赶到，这还是如果及时得到消息并有意支援情形下，说实话这里基本上只能靠他们守卫两年也不定有援兵来。
而以他们的兵力守两年其它没问题也早饿死了，因此只能如西班牙人一样只当对方严重的蔑视不存在，派出了使者倒过来主动上前去问对方来意，这正是人人期待万一、、、万一呢、、、岂不、、、
使者赶到护卫队登陆场见到田顺平当然不至于白痴般直接问对方此来目的，而是说这巴达维亚属荷兰人的地盘，护卫队来此他们应尽地主之职，缺什么物资只需开口多少数量、什么时间要保证供应，另外护卫队来得匆促慰问品未曾预备，明天会送上并邀请护卫队上层参加专为他们举行的宴会。
田顺平听翻译之语觉得好笑，就如沈磊所说自己弱小时他们喊打喊杀，现在在他们的城堡不远目中无人地登陆反而来说讨好话，这些西方人就是这样赤裸裸的势利，毫不掩饰。对此年龄虽轻却已经看穿的田顺平毫不犹豫地拒绝后，拿出一封信说：
‘这是最后通牒，因二十四小时后开战明天这个时间也迟了一点，算了，你们客气别跟西班牙人一样了，让你们后天八时前答复就可以了，不过到时不投降就会炮击你们的城堡，勿谓言之不预。‘
听到事态严重使者不敢多说什么了，匆匆赶了回去将信交给科恩去职后的迪门总督，然后向公司上层汇报了交涉经过，特别是给西班牙人最后通牒是二十四小时也不遗漏。
听使者的话从迪门开始在场众人一片石化，护卫队来意不善是肯定的，可给西班牙人二十四小时答复如是真的，不管另有一支军队在攻打马尼拉还是马尼拉已经陷落都不是好消息，因为两处都是孤零零在亚洲只能凭城墙守着，如果西班牙人才守一个月以下他们也守不了三个月，如果二处同时开打护卫队没有一丝后顾之忧，放心地围攻这里就可以了。
不看最后通牒已经知道形势比之前知道更恶劣，因为此前还想不通护卫队为什么全力攻打自己而不怕还有个西班牙人在后面，如果这里战局胶着西班牙人就可以大有作为，如果那边也在攻打说明护卫队扩编很快，这巴达维亚迟早失守的。
虽然这个消息让荷兰人守一守的念头下降不少，但他们看到了最后通牒的内容一下怒气冲天，因为作为违约方护卫队将接管荷兰东印度公司所有的地盘。杀人不过头点地，将他们赶尽杀绝这不是欺人太甚吗？？
本来若将巴达维亚让出来他们也准备认了，因为谁叫他们违约的，而且护卫队兵力如此雄厚，公司总部换一处也不算损失巨大到无法承受。
可是对方要求公司将所有的地盘交出来也就是说将整个东印度公司连根挖出，虽说华夏自治会将在各处设立贸易自由城，以前的商品仍然能经营，可不再是独家经营了，如此条件众人怎能答应。
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